宏基因组学测序FAQ

2010-12-07 00:00 来源:丁香园 作者:
字体大小
- | +

 1. 宏基因组测序可以用于疾病研究吗,研究一个疾病需要多少样本数?

可以,通过肠道微生物与疾病关联分析的方法,对肥胖,肠炎以及糖尿病等疾病进行研究,一般需要疾病的样本约35例,对照组35例,每个样本的数据量约2.5G.具体的情况视疾病差异可作调整。对于疾病的研究,建议分成2步实施,首先对样本进行16S rDNA和whole genome的survey,评估样本的的复杂程度以及宿主的污染情况。第二步根据普查研究的结果,挑选具有代表性的样本进行深度测序,降低了项目实施的风险。

 

2. 人肠道相关疾病的宏基因组研究需要对照吗?

需要,因为样品提取过程中,提取方法的差异,对物种丰度的影响较大,所以需要同时提取疾病组和对照组的样本。虽然我们有人肠道的参考基因集,但是样本大部分来自欧洲,虽然也有中国人的肠道微生物数据,这只能作为分析时的参考,不能与具体样本进行对比分析。

 

3. Whole genome metagenomics sequencing是否可以构建大片段文库测序?

小片段文库测序的数据,一般可以得到1-2k的contigs,对于常规的基因研究已经足够;针对简单的环境样品,在小片段文库的基础上,构建大片段文库测序,组装可以获得更长的序列,得到更好的分析结果。

 

4. RNA病毒可以进行宏基因组研究吗?

须先将病毒RNA链反转成DNA单链,再根据第一链DNA合成第二链,提供双链DNA样品才能进行测序。

 

5. 16S rDNA测序与全基因组宏基因组测序的区别?

16S测序以分类研究为核心,可以提供物种分类,物种丰度以及系统进化分析。宏基因组测序除了能提供物种分类,物种丰度分析之外,还能做基因功能以及代谢通路相关的研究。

 

6. 宏基因组学可以研究哪些环境中的微生物群落?

a.人体微生物,包括口腔,肠道,胃,呼吸道,鼻腔,生殖道,血液,皮肤等等部位的微生物群落。

b.动物微生物,包括瘤胃,昆虫肠道等等部位的微生物。

c.环境微生物:包括土壤,海洋,湖水,矿地,极地微生物等等。

d.植物内生菌:植物的菌根等等。

e.工业微生物:酿酒微生物,发酵微生物,沼气微生物等等。

f.特殊环境的微生物:矿井、 黄石公园、 古代动物的尸骨、火山口…

 

7. 能否定制个性化信息分析,如何进行?

可结合合作伙伴的需求,协商确定个性化信息分析服务内容。

编辑: 莉莉

版权声明

本网站所有注明“来源:丁香园”的文字、图片和音视频资料,版权均属于丁香园所有,非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明“来源:丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,且明确注明来源和作者,不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。同时转载内容不代表本站立场。