组织蛋白酶参与糖尿病肾病以及自身免疫性免疫复合物肾小球肾炎的发病。Garsen 等的研究指出，组织蛋白酶 L 在早期糖尿病肾病的发病机制起着重要作用，慕尼黑大学的 VR 等针对此研究的评论性文章发表于 2016 年 11 月同期的 KI 杂志上。
链脲霉素致糖尿病的动物模型中，组织蛋白酶 L 缺乏的小鼠仍然出现高血糖，却没有白蛋白尿、系膜硬化以及肾小管间质纤维化，提示组织蛋白酶在肾小球损伤中的独特作用。
组织蛋白酶 L 为一种溶酶体半胱氨酸组织蛋白酶，降解包括组成肾小球滤过屏障蛋白在内的许多蛋白，例如 CD2 相关蛋白，synaptopodin，发动蛋白等。
除此之外，组织蛋白酶 L 可以活化参与糖尿病肾病发病的蛋白，如硫酸乙酰肝素内切糖酐酶；也能调节多糖蛋白复合物的降解，导致内皮细胞功能障碍，出现血浆蛋白如白蛋白的漏出，并促进内皮细胞表面细胞分子同可溶性或细胞结合配体的相互作用，引起炎症、淋巴细胞聚集以及白蛋白尿。
除肾脏及视网膜外，内皮细胞功能障碍过程通常不易察觉，在肾脏表现为微量白蛋白尿，视网膜则为棉絮样渗出。
另一种组织蛋白酶 S 由激活的单核细胞、中性粒细胞和内皮细胞分泌，促进许多系统性疾病中的内皮功能障碍，包括动脉粥样硬化。恒定链在 MHC-II 分子加工过程中起重要作用，同时也是组织蛋白酶 S 的水解底物之一，提示组织蛋白酶在抗原呈递中的作用；另外组织蛋白酶 S 还能特异性激活蛋白酶激活受体-2（PAR-2），进而介导血管损伤；组织蛋白酶 S 封锁可以明显减轻糖尿病视网膜病变和肾小球硬化。
组织蛋白酶 S 在抗原呈递过程中的作用，说明组织蛋白酶 S 抑制剂不仅有血管保护作用，而且是高选择性强效的免疫抑制剂，这一点限制其在糖尿病患者中的应用。PAR-2 的抑制剂也许能够抵消组织蛋白酶 S 介导的糖尿病血管并发症，而不干扰抗原呈递过程。
基于 Garsen 等的实验研究，推断组织蛋白酶 L 抑制剂在人类糖尿病肾脏病治疗中可能有潜在的用处，但组织蛋白酶有很多底物，从这些数据的广泛推广有误导可能，即使是特异性组织蛋白酶 L 抑制剂也有许多未预料的作用，在临床试验之前需仔细探讨。
总之，Garsen 等的研究显示了半胱氨酸蛋白水解酶在肾脏病中的多种作用。特异性拮抗组织蛋白酶可能是具有前景的肾脏病治疗干预方式。
