常见的甲状腺良性疾病就是甲状腺功能亢进（简称甲亢）。Graves 病的治疗仍然还是存在非常多没有解决的问题和亟待解决的问题，尤其是儿童青少年的 Graves 病是很难治疗的，病情容易反复，而且对药物相对来说都不太敏感。像这一类的病人，是不是一定是要进行手术治疗或者同位素治疗？
当然在没有办法的情况下，可能还是要进行同位素治疗，但是同位素治疗的方法现在来说就是把甲亢变成甲减来治疗，临床上有时候用同位素治疗很难达到完全使甲状腺功能恢复正常的效果，但是可能宁愿把甲亢变成甲减，也不要让甲亢治疗以后出现复发。但是对于中国传统文化而言，把一个小孩变成甲减终身吃药，一个家庭会很难接受这个现状，所以在儿童里面到底应该采用何种治疗方法，这是一个非常关键的问题，这说大了对提高整个民族的素质都非常重要。
还有就是在妊娠期间，检测出来的 Graves 病或者是甲亢、甲减，到底我们应该怎么样来处理，其实国内外都没有一个非常统一的方法。当然，甲减肯定要治疗，但是亚临床甲减要不要治疗？这仍然也是一个问题。我们现在的 RCT 研究的结果有些是矛盾的，有些认为补充了外源性的甲状腺素（优甲乐）那就有好处，有些也没看到好处，当然它跟治疗的时机、所用的剂量、控制目标等等都有一定的关系，但是至少现在还没有一个很确切的标准来告诉我们甲状腺功能到了哪一步就需要积极地干预，这种积极干预到底对母婴日后能够产生多么大的影响，是好的还是坏的？我们现在是不清楚的。
除此之外，还有一些在临床上碰到的问题，虽然少见，但经常在临床上造成误诊，那就是各种类型的甲状腺炎。当然急性甲状腺炎容易控制，但亚临床性甲状腺炎有时候可能会跟一些其他疾病混淆，虽然后果不会很严重，但是可能在临床上造成很大的误诊。
