ApoE基因编码的蛋白可协助调解体内胆固醇和其他脂类的水平和分布。ApoE基因以三种形式存在。ApoE2被认为在防治AD和心脏病方面有益，ApoE3作用中立，ApoE4则使患AD和心脏病的风险增加。在脑外ApoE4清除胆固醇的作用不如ApoE2和ApoE3，然而ApoE4在脑内对AD如何影响仍是谜团。
最近由洛杉矶南加州大学凯克医学院Zilkha神经遗传学学院的神经变性与再生中心的Berislav Zlokovic博士负责的研究团队在Nature杂志上发表了一篇题为《Apolipoprotein E controls cerebrovascular integrity via cyclophilin A》的文章，预示了ApoE4可能为治疗阿尔茨海默病（AD）的新靶点。
Dr. Zlokovic和他的团队研究了几组基因改良过的老鼠，包括一组缺乏ApoE基因，三组只携带ApoE2、ApoE3、ApoE4基因。老鼠正常只携带一种ApoE。研究者们发现只携带ApoE4或没有ApoE的老鼠血脑屏障被破坏，以致血液中有害物质进入脑内。几周之后，研究者检测到小血管丢失，脑功能改变，脑细胞间连接功能损害。
研究人员还发现ApoE2和ApoE3帮助控制一种叫做CypA（亲环素A）的炎症分子的水平，而ApoE4无此作用。只携带ApoE4的老鼠中CypA的表达水平会升高5倍。过多的CypA激活一种叫MMP-9的蛋白酶，这种酶会破坏血脑屏障中的蛋白成分。用抑制CypA的免疫抑制剂环孢霉素A来治疗可以保护血脑屏障完整性，减少对大脑损害。抑制MMP-9蛋白酶的药物有类似功效。在先前的研究中，这种酶的抑制剂已经证实可减少卒中动物模型的脑损伤。
美国国立卫生研究院老年学项目负责人，Suzana Petanceska医学博士，也资助了Zlokovi博士的研究，他说：“这些研究指出了环孢霉素A可作为AD靶向治疗的新药物。许多的人口学研究已表明中年血管危险因素如高血压、糖尿病与晚年患AD风险间有关联。我们需要进行更多的研究深入了解其中的机制并且探索减少血管损害的治疗是否能防治AD。”
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