RNA测序经典案例

2010-12-07 00:00 来源:丁香园 作者:
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♦ 案例一

The New England Journal of Medicine, 2009, 360(26):2719-2729.Impact factor (2009)=47.05

Mutation of FOXL2 in granulosa-cell tumors of the ovary
      Shah, S. P., Kobel, M., Senz, J. et al.

案例简介:

粒层细胞瘤GCTs是恶性卵巢性腺间质肿瘤最常见类型。发病机理还不清楚。而且组织病理学诊断受到挑战,目前除了外科手术治疗外没有其他治疗方案。

为了摆脱传统组织病理学诊断的局限性,研究粒层细胞瘤GCTs新的诊断标准。加拿大英属哥伦比亚癌症研究中心Huntsman博士领导的研究小组利用Illumina公司新一代测序仪Genome Analyzer II(GAII)对四个成年GCTs进行全转录组双末端RNA测序,并将测序获得的数据与11个上皮卵巢肿瘤,已发表的人类基因组以及SNP数据库进行比较。

他们发现在四例GCTs中,卵巢粒层细胞发展过程中重要的转录因子FOXL2,有一个错义突变,402位碱基C突变为G,导致134位氨基酸半胱氨酸突变为色氨酸。在后期验证中,在89例成年GCTs中有86例有FOXL2的突变,突变率为97%,12例泡膜细胞瘤中有3例有突变,突变率为21%,10例少年GCTs有1例突变,突变率为10%。在49例其他类型的SCST和329例不相关卵巢癌和乳腺肿瘤中没有FOXL2的突变。

重要发现:

►全转录组测序发现经形态学鉴定的成年GCTs中FOXL2有一个402位C至G的突变。

 

♦ 案例二

Nature Medicine, 2010, 16(7):793-798.Impact factor (2009)=27.136

Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma
      Palanisamy, N., Ateeq, B., Kalyana-Sundaram, S. et al.

案例简介:

在前列腺癌中,尽管包括ETS家族转录因子在内的周期性基因融合很常见,但这些产物都无法成为现有方法的药物靶点。最近,1-5%的肺癌中鉴定出一些稀有的可作为靶向的基因融合, 包括未分化淋巴癌受体酪氨酸激酶基因(ALK),该发现暗示可能在其他的上皮细胞癌中也存在相似的稀有基因融合。

密歇根大学的Arul Chinnaiyan等人运用转录组测序,测序5组ETS基因融合的前列腺癌和10组未发生ETS基因融合的前列腺癌共15组数据,经分析,在PCA3和PCA17两例未发生ETS基因融合的前列腺癌中,RAF信号途径上BRAF和RAF1基因优先发生融合现象。随后利用qRT-PCR和FISH技术验证PCA3和PCA17中RAF相关基因的基因融合现象,并构建融合基因表达质粒分别在HEK293和RWPE细胞中表达,进行后续研究。

重要发现:

► 发现了RAF信号途径在前列腺癌、胃癌和黑色素瘤中的关键作用;

►发现了可作为药物作用靶点的基因融合现象;

 

♦ 案例三

Cell Research (2008) 18: 997-1006. Impact factor (2009) 8.151

Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases
      Xi Chen, Yi Ba, Lijia Ma, Chen-Yu Zhang et al.

案例简介:

MicroRNA(miRNA)是长度在18-30 nt的内源性非编码小分子RNA,在进化上高度保守,具有转录后基因调控功能。miRNA功能失调已证明与包括癌症在内的多种疾病密切相关。南京大学生命科学学院Chen-Yu Zhang等的研究指出在小鼠、大鼠、牛胚胎、牛、马以及人类血清中miRNA的种类和水平在同一物种中是稳定的。

利用Solexa新一代高通量测序技术,该研究组对健康中国人个体的血清进行了研究,在男性和女性中各发现100和91种血清miRNA。同时该研究组还对肺癌、结直肠癌和糖尿病患者血清中miRNA的表达特征进行了分析,发现各种疾病之间miRNA的指纹特征很强,存在不同的表达模式,并用qRT-PCR验证了测序分析结果的准确性。该研究证明,血清小RNA可以作为检测各种癌症或其他疾病的无创诊断分子标志。

重要发现:

►在血清与血浆中存在稳定表达的miRNA,且有物种特异性

►血清miRNA 在肺癌、结直肠癌和糖尿病等不同疾病中都有着指纹作用

► 血清miRNA比血细胞miRNA更敏感反应病理特征

► 测序分析证明miR-25和miR-223 在非小细胞肺癌中特异性高表达,且其结果得到qRT-PCR验证,为其成为非小细胞肺癌无创诊断分子标志提供了理论基础。

 

♦  案例四

Journal of Clinical Oncology, 2010: 28: 1721-1726. Impact factor (2009)17.793

Serum MicroRNA Signatures Identified in a Genome-Wide Serum MicroRNA Expression Profiling Predict Survival of Non-Small-Cell Lung Cancer.
      Zhibin Hu, Xi Chen, Yang Zhao, TianTian et al.

案例简介:

Zhibin Hu, Xi Chen, Yang Zhao等,提取不同存活期的非小细胞肺癌(NSCLC)患者血清样本(每组30例样本),进行Solexa新一代高通量测序。通过对测序结果进行分析筛选,并对筛选出来的miRNA在243例病理样本中进行qRT-PCR验证,最后分析发现miR-486,miR-30d,miR-1 和 miR-499 与预后生存密切相关,可作为无创性预后诊断的分子标志。

 

 

编辑: 莉莉

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